هنالك ثلاث مناطق رئيسية لأشجار المنغروف بمحمية خليج دونقناب وجزيرة مكوار، وهي: الطرف الشمالي لجزيرة راوايا، والطرف الجنوبي لجزيرة مكوار، والساحل الرئيسي عند مرسى انكفال إضافة إلى أشجار متفرقة صغيرة الحجم هنا وهناك. تتكون كل أشجار المنغروف من فصيلة Avicennia marina وهي جميعها في حالة جيدة رغم أن بعضها قد تم قطعه للوقود وتأثر بعض آخر برعي الجمال.

هنالك العديد من الجزر غير المأهولة حول خليج دونقناب، أكبرها هي جزيرة مكوار. وأغلب هذه الجزر إما رمال منخفضة جداً أو أعلى قليلا منها، وهي الصفة الغالبة على لطبيعة المنطقة الوسطى للبحر الأحمر. وهنالك شواطئ صخرية وأخرى رملية منقطة على طول مساحة المحمية. وتعتبر الشواطئ الرملية حول الجزر ذات أهمية خاصة كمواقع لتزاوج السلاحف.

تعتبر الظروف الطبيعية في منطقة البحر الأحمر الوسطى مثالية لنمو الشعب المرجانية. يوجد حتى الآن بالمياه السودانية على البحر الأحمر ما مجموعه 291 نوعاً من الشعب المرجانية، وهو التنوع الأعلى المسجل حتى الآن على مستوى العالم.

قيعان الأعشاب البحرية عبارة عن حشائش بحرية ذات تأقلم خاص تنتشر عبر سائر أنحاء محمية خليج دونقناب وجزيرة مكوار. هنالك ثمان أنواع مسجلة منها، هي Syringodium isoetofolium, Halophila stipulacea, H. ovalis, Halodule uninervis, Enhalus aceroides, Cymodeocea rotundata, Thallasodendron ciliatum and Thalassia hemprichii. لهذه الأعشاب البحرية أهميتها الوطنية والاقليمية على حد سواء، ولا سيما كغذاء أساسي لمجموعات أبقار البحر المهددة بالانقراض الموجودة بهذه المنطقة.