محمية جزيرة سنقنيب البحرية هي أول منطقة محمية تعلنها حكومة السودان بموجب أحكام قانون حماية المصائد والمحميات القومية، 1986 في الأول من أبريل 1990. وأعلنت محمية خليج دونقناب وجزيرة مكوار من قبل الرئيس السوداني في أكتوبر 2004 بموجب أحكام ذات القانون.
أعدت الخطط الرئيسية للموقعين بدعم من برنامج العمل الاستراتيجي للمنظمة الاقليمية للحفاظ على البحر الأحمر وخليج عدن في العام 2004. ومنذ ذلك الوقت تم إعداد خطة خمسية لإدارة محمية خليج دونقناب وجزيرة مكوار (2016-2021) بدعم من البنك الدولي وتمويل من برنامج العمل الاستراتيجي للمنظمة الاقليمية للحفاظ على البحر الأحمر وخليج عدن. تحل مسودة الخطة الخمسية لإدارة محمية خليج دونقناب وجزيرة مكوار (2016-2021) مكان الخطة الاستراتيجية 2004 والهدف منها أن تكون وثيقة مرجعية للإدارة العامة للحياة البرية لإدارة المحمية.