أهداف المحميات البحرية السودانية هي:
- الحفاظ على الأمثلة الحية للتنوع البيئي للسواحل السودانية على البحر الأحمر
- الإسهام في الاستخدام المستدام للموارد البحرية الحية للسودان
- دعم التنمية الاقتصادية والاجتماعية المحلية والقومية
- حماية الإرث الثقافي المتميز للبيئات البحرية والشاطئية لسواحل البحر الأحمر السودانية
- إشراك المجتمعات المحلية وأصحاب المصلحة كشركاء أصيلين في إدارة المحمية
- إجراء البحوث وتنفيذ برامج الرصد والمراقبة لتنوير إدارة المحمية
- تطوير القدرات القومية في كافة مناحي تخطيط وإدارة المحمية
- تعزيز الوعي العام بشأن الموارد البحرية والتنوع الموجود بسواحل البحر الأحمر السودانية ومبادئ الاستخدام المستدام